作者:
郭朋朋
摘要:主要组织相容性抗原(Major Histocompatibility Complex,MHC)是脊椎动物的第二大基因家族,MHCⅡ类分子第2外显子编码的序列可以与抗原结合,是研究动物适应性进化的重要分子标志。灰狼位于食物链的顶端,对维持生态系统有重要作用,MHC基因可以反应灰狼应对复杂的生境变化的进化历史。本研究选取蒙古及中国西藏、内蒙、青海、新疆等地灰狼及曲阜本地犬为研究对象,对MHCⅡ基因启动子及第二外显子序列进行分离和遗传变异分析,揭示了中国狼及土狗的MHC基因的多样性及进化机制。本研究得到了 如下研究结果: 1)运用PCR和克隆技术得到了DQA1、DRB1、DQB1基因启动子和外显子2的序列,其中DQA1启动子序列1条、DRB1启动子序列2条、DQB1启动子序列9条;DQA1外显子2序列21条、DRB1外显子2序列52条、DQB1外显子2序列48条,且大部分为新发现基因。 2) MHC启动子等位基因种类、数目及频率与其他地区的灰狼和其他品种的犬相差不大,暗示MHCⅡ基因有相似的基因表达调控机制。 3) DQA1基因外显子2的T、C、A、G四种碱基平均含量分别为24.4%,24.1%,29.3%,22.3%;多态位点比率为5.70%,新疆和内蒙种群多态性最高;核苷酸多样指数(Pi)在0.01064至0.01775之间;氨基酸突变率为9.76%,氨基酸使用频率最低的为Cy(s0),最高的为Thr(8.67)。DRB1基因外显子2的T、C、A、G四种碱基平均含量分别为15.8%、24.2%、21.7%、38.4%;多态位点比率为17.5%,家犬和青海多态位点比率最高;核苷酸多样指数(Pi)0.05169至0.07394;氨基酸变异率为30.3%,氨基酸使用频率最低的为Met(0.8179),最高的为Arg(14.278)。DQB1外显子2的T、C、A、G四种碱基含量分别为15.6%,25.0%,21.6%,37.8%;多态位点比率为15.45%,青海和家犬种群多态性最高;各种群核苷酸多样指数(Pi)0.0350至0.0758间;氨基酸突变率为24.4%,氨基酸使用频率最低的为Met(0.9217),最高的是Arg(13.716)。 4)运用MEGA5.1软件基于Nei-Gojobori method (Jukes-Cantor)模型计算各种群MHC基因全部位点、PBR位点、非PBR位点的同义替代率和非同义替代率,并进行Z-test检验。从所有位点看,DQA1基因在各种群均不存在正选择作用;除XJ种群外,所有PBR位点均存在正选择作用;所有种群的非PBR位点均不存在正选择作用。从全部位点看,DRB1基因XJ和XZ种群没有正选择作用,其他种群存在正选择;从PBR位点看,所有位点均存在正选择作用;从非PBR位点看,所有种群均不存在正选择作用。从全部位点看,DQB1基因所有种群没有正选择作用;从PBR位点看,所有位点均存在正选择作用;从非PBR位点看,所有种群均不存在正选择作用。 5)运用MEGA5.1软件基于Kimuxa-2-paralneter模型计算群体内核苷酸突变的平均遗传距离,DQA1基因遗传距离关系为QHMGXZNMXJTG,DRB1基因的遗传距离关系为TGMGNMXJXZQH, DQB1基因遗传距离关系为XJXZTGMGQHNM。 6)基于Tajima-Nei模型计算种群间的遗传距离,DQA1基因显示QH和MG种群的遗传距离最大,最小的为XJ和MG种群;DRB1基因显示TG和XZ种群的遗传距离最大,最小的为XJ和MG种群;DQB1基因显示MG和XJ种群的遗传距离最大,最小的为NM和MG种群。 7)分别构建DQA1、DRB1、DQB1基因的N-J系统进化树,DQA1、DRB1、DQB1基因在进化树中分散排列,没有按物种或种群聚类,说明它们的跨物种多态性分布。 8) DQA1、DRB1、DQB1基因在进化树中分散排列,而且dN与dS之比大于1,说明这三类基因受到平衡选择作用。
关键词:狼 MHC基因 多态性 平衡选择 正选择 跨物种多态性